Variant-PCR-testen (tidl. Delta-PCR-testen)

Med udbredelsen af nye varianter af SARS-CoV-2, er der behov for nye metoder til påvisning af vigtige virusvarianter, dels med henblik på epidemiologisk overvågning tættere på realtid, dels med henblik på hurtig smitteopsporing.

Variant-PCR-testen (tidl. Delta-PCR-testen) er et hurtigere alternativ til helgenomsekvensering, idet prøvesvar kan foreligge indenfor 12-24 timer efter positivt testsvar på standard-PCR.

Ændring per den 7. juni 2021
Da WHO har valgt at navngive de forskellige virusvarianter ud fra det græske alfabet, har SSI valgt at ændre navnet på ’Delta-PCR-testen’ til ’Variant-PCR-testen’. De tidligere versioner af Delta-PCR-testen vil stadigvæk være navngivet med de oprindelige navne.
 

Variant-PCR-Test-4 - den 7. juni 2021 og frem

SSI har videreudviklet og valideret en ny version af Variant-PCR-testen (tidl. Delta-PCR-testen). Den nye version med navnet Variant-PCR-Test-4 kan detektere varianter, som indeholder deletion H69+70, mutationen N501Y, mutation E484K samt mutation L452R.

Variant  Deletion H69+70  Mutation N501Y Mutation E484K  Mutation L452R 
B.1.1.7 Ja Ja Nej
 Nej
B.1.1.7 med mutation E484K  Ja Ja Ja Nej
B.1.351*  Nej
 Ja Ja Nej
P1*  Nej  Ja Ja Nej
N439K variant**  Ja Nej Nej Nej
Y453F (Mink variant)**
 Ja Nej Nej Nej
B.1.525
 Ja Nej Ja Nej
B.1617 ***
Nej Nej Nej Ja
Varianter med mutation E484K   - -  Ja -
Varianter med mutation N501Y  - Ja - -
Varianter med mutationen L452R
 - -
 -
 Ja

* Disse to varianter kan detekteres, men Variant- PCR-Test-4 kan ikke skelne mellem dem.
** Disse 2 varianter kan detekteres, men Variant-PCR-Test-4 kan ikke skelne mellem dem. Antallet af minkvariant- og N439K-tilfælde er gået meget ned i Danmark.
***Alle tre B.1617-varianter (B.1617.1, B.1617.2 og B.1617.3) kan detekteres, men Variant-PCR-Test-4 kan ikke skelne mellem dem.

Delta PCR v. 3.0 - den 26. april 2021 til den 6. juni 2021

SSI har videreudviklet og valideret en ny version af Delta-PCR-testen. Den nye version af Delta-PCR-testen kan detektere varianter, som indeholder deletion H69+70, mutationen N501Y samt mutation E484K.

Variant Deletion H69+70 Mutation N501Y Mutation E484K
B.1.1.7 Ja Ja Nej
B.1.1.7 med mutation E484K Ja Ja Ja
B.1.351* Nej Ja Ja
P1* Nej Ja Ja
N439K variant** Ja Nej Nej
Y453F (Mink variant)** Ja Nej Nej
B.1.525 Ja Nej Ja
Varianter med mutation E484K - - Ja
Varianter med mutation N501Y - Ja -

* Disse to varianter kan detekteres, men Delta-PCR-testen kan ikke skelne mellem dem.
** Disse 2 varianter kan detekteres, men Delta-PCR-testen kan ikke skelne mellem dem. Antallet af minkvariant- og N439K-tilfælde er gået meget ned i Danmark.

Delta PCR v. 2.0 - den 23. februar 2021 til den 25. april 2021

SSI har videreudviklet og valideret en ny version af Delta-PCR-testen. Den nye version af Delta-PCR-testen kan detektere varianter, som indeholder deletion H69+70 og mutationen N501Y. Således kan Delta-PCR-testen detektere nedenstående varianter undtagen P2:

Variant
 Deletion H69+70
 Mutation N501Y
B.1.1.7
 Ja Ja
B.1.351*
 Nej Ja
P1*
 Nej Ja
N439K variant**
 Ja Nej
Y453F (Mink variant)**
 Ja Nej
P2 Nej Nej
B.1.525**
 Ja Nej

* Disse to varianter kan detekteres, men Delta-PCR-testen kan ikke skelne mellem dem.
** Disse 3 varianter kan detekteres, men Delta-PCR-testen kan ikke skelne mellem dem. Antallet minkvariant tilfælde er gået ned i Danmark. 

Delta PCR v. 1.0 - den 14. januar 2021 til 22. februar 2021

Denne Delta-PCR-test er specifikt målrettet til at identificere en særlig ændring i SARS-CoV-2-virus (en ”deletion”, hvor aminosyre 69+70 mangler). Ændringen findes i følgende tre varianter:

  1. B.1.1.7
  2. Mutationen N439K
  3. Minkvarianter/Y453K

En positiv Delta-PCR-test vil således indikere, at en person er smittet med én af de tre ovennævnte varianter eller en eventuelt anden virusvariant med den ”deletion”, hvor aminosyrerne 69+70 i spikeproteinet mangler.

 

Formålet med Variant-PCR’en er todelt:

  1. Mulighed for intensivering af smitteopsporingsindsats hos Styrelsen for Patientsikkerhed (STPS), hvor de forskellige varianter konstateres via en positiv Variant-PCR-test.
  2. Kvalificering af, hvilke positive prøver, der skal helgenomsekventeres. Prøver der findes positive i Variant-PCR sekventeres umiddelbart efter resultatet foreligger.

Variant-PCR-testen er sat i fuld drift, således at SSI screener alle positive PCR-test i samfundssporet, mens Testning i Sundhedsspores foretages af de regionale Klinisk Mikrobiologiske afdelinger.

Opgørelse over udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter