PCR-test

En PCR-test kan vise, om en organismes (fx virus) arvemateriale er til stede i en prøve. PCR-test har siden covid-19-pandemiens begyndelse været en helt central del af Danmarks teststrategi for at finde personer smittet med SARS-CoV-2.

Alle mikroorganismer og virus indeholder arvemateriale (DNA eller RNA), som er specifikt for den pågældende organisme. Det gælder også for sygdomsfremkaldende agens (patogener) som eksempelvis virus. PCR står for Polymerase Chain Reaction.

Ved hjælp af PCR-test kan man finde frem til de bestemte organismer, man ønsker at undersøge for.

PCR-test til at påvise SARS-CoV-2

Når en borger PCR-testes for covid-19, bliver der foretaget en podning i svælget. Podningen bliver samme dag sendt til enten Statens Serum Institut eller til en af regionernes hospitaler, hvor prøven analyseres for SARS-CoV-2 virus. Prøver fra personer der er henvist til test fx fra egen læge eller er blevet indlagt analyseres på hospitalerne. Dette testspor kaldes sundhedssporet. Prøver fra personer der ikke er henvist eller indlagt bliver analyseret i Testcenter Danmark (TCDK) på SSI. Dette testspor kaldes samfundssporet.

Ved PCR-test af SARS-CoV-2 omsættes RNA til DNA, og prøven tilsættes primere, som binder sig til virus DNA i prøven.

Primerne er designet til kun at binde til genmaterialet i SARS-CoV-2. Primerne kan således ikke binde sig til andre vira og gener, og man sikrer derfor, at der kun tjekkes for infektion med SARS-CoV-2 i testen.

På SSI anvender man primere, der knytter sig til E-genet, som anbefalet af WHO og ECDC, idet det giver en yderst sensitiv og specifik test.

SSI’s valg af primere mod E-genet underbygges af disse artikler:

"Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR" i Eurosurveillance

"Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-COV-2 qRT-PCR" (pdf) i Medrxiv

Når primerne har bundet sig til arvematerialet, opformeres det ved hjælp af et enzym. I testen tilsættes prober, der udsender et fluorescerende lys, når de bindes til det opformerede DNA. Lysintensiteten viser mængden af opformeret virus-DNA.

Testen er akkrediteret iht. ISO17025 (akkrediterings nr. 397) af DANAK (det danske myndighedsorgan til kvalitetssikring af diagnostiske tests). SSI deltager i et ekstern kvalitetsprogram, Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD). Instituttet anvender dyrket SARS-CoV-2 virus som positiv kontrol i alle prøveopsæt. På den måde sikres det, at der kan identificeres en positiv og en negativ test, hver gang en række tests bliver diagnosticeret.

Ct-værdier og smitsomhed

Ct-værdien (antallet af cycler, der er nødvendigt for påvisning af virus i PCR) er et semikvantitativt mål, et estimeret bud, for RNA-mængden i patientprøven. Ct-værdien er afhængig af prøvekvaliteten, hvornår prøven er taget i smitteforløbet samt af PCR-metoden, der anvendes. Ct-værdien er således forbundet med usikkerheder i forhold til at bestemme den præcise mængde af virus i personen, der har fået taget prøven.

Testcenter Danmark har data på Ct-værdierne, men da testen er kvalitativ, dvs. et mål for ”om resultatet er påvist eller ikke påvist”, er Ct-værdien kun en værdi, der anvendes til at vurdere, om en prøve er positiv eller negativ og til kvalitetskontrol.

Resultater fra den seneste internationale videnskabelige litteratur tyder på, at der er en omvendt proportional sammenhæng mellem Ct-værdier og smitsomhed mellem personer. Dvs. jo lavere Ct-værdi (lig med høj virusmængde), des mere smittefarlige er personerne.

Et dansk studie, der er foretaget i samarbejde mellem SSI og Københavns Universitet bekræfter dette, men viser samtidig, at, der mod forventning, kan ske smitte i husstande, hvor indexpersonen er fundet positiv med en høj Ct-værdi (lav virusmængde). Læs også SSI’s nyhed om studiet.

Flere forskere har, på baggrund af laboratorie-studier, hvor Ct-værdier er sammenholdt med evnen til at dyrke virus i cellekulturer, foreslået at anvende et cut-off, dvs. tærskelværdi, på Ct-værdien på 30 for smittefarlighed, idet de mente, at personer med en Ct-værdi over 30 havde så lille virusmængde i sig, at de ikke udgjorde nogen smittefare. Dette studie viser imidlertid, at det ikke vil være muligt at sætte et præcist cut-off for smittefarlighed, idet selv personer med en meget lav virusmængde i deres prøve (Ct = 38), er i stand til at smitte.

Her kan du se, hvad en Ct-værdi er

Testens specificitet

Testens specificitet er sikkerheden for, at de prøver der testes negative rent faktisk også er negative. Hvis en test fejlagtigt viser, at en person er smittet (positiv), er det en falsk-positiv. Jo højere testens specificitet er, jo færre falsk-positive svar.

Både designet, valideringen og udførelse af de diagnostiske PCR-test bidrager alle til en meget høj specificitet på over 99,9 %.

Trods den høje specificitet kan det aldrig helt udelukkes, at der kan forekomme enkelte falsk-positive. Det er dog SSI’s vurdering, at det antal falsk-positive svar, der eventuelt måtte være, er ganske ubetydeligt. SSI har ikke kendskab til konkrete falsk-positive svar.

Testens sensitivitet

Testens sensitivitet beskriver evnen til at fange de positive prøver. Hvis en test fejlagtigt viser, at en person ikke er smittet (negativ), er der tale om en falsk-negativ. Jo højere testens sensitivitet er, jo færre falsk-negative svar.

Det er ikke umiddelbart muligt at udføre større kliniske studier af sensitivitet, da der ikke findes en "facitliste", man kan kontrollere op imod. De PCR-tests, der anvendes på Statens Serum Institut har dog en høj sensitivitet, idet der opereres med en såkaldt analytisk sensitivitet på ganske få covid-19 RNA-kopier.

Det er i stedet i forbindelse med selve prøvetagningen, at man finder den største risiko for, at et svar ender som et forkert svar. Derfor er det vigtigt, at prøven tages korrekt, så der er nok virusmateriale til rådighed til den efterfølgende PCR-analyse.

Herudover er der en række andre ting, der kan påvirke analyseresultatet. Det kan fx være hvilken fase af sygdommen, som personen er i. Der går nogle dage før infektionen er ”slået an”, og der er virus tilstede i svælget.

En anden faktor er, hvorvidt personen har symptomer. Nogle asymptomatiske personer udvikler ikke på noget tidspunkt af infektionen symptomer (”ægte asymptomatiske” personer), mens nogle prøver tages inden, der udvikles symptomer (”præsymptomatiske” personer). Her er det en generel antagelse, at ”ægte asymptomatiske” personer udskiller mindre virus end ”præsymptomatiske” personer.

Eftersom, at risikoen for et falsk-negativt svar hænger sammen med virusmængden i personens svælg, så er risikoen for falsk-negative svar større for ”ægte asymptomatiske” personer, end den er for ”præsymptomatiske” og symptomatiske personer.