PCR-test

Når en borger testes for covid-19, foretages der en svælgpodning. Podningen bliver sendt til Statens Serum Institut (SSI) samme dag, hvor prøven analyseres for SARS-CoV-2 virus. Testen, og metoden bag, kaldes en PCR-test. PCR står for Polymerase Chain Reaction, og er en test, der påviser SARS-CoV-2´s arvemateriale (RNA) i prøven. Den specifikke PCR-test, der anvendes i samfundssporet, er en test, SSI selv har sat op.

PCR-metoden kort fortalt: SARS-CoV-2´s arvemateriale (RNA) omdannes til DNA. Dernæst tilsættes primere, som er små syntetisk fremstillet stykker af DNA, der kun binder til genmaterialet i SARS-CoV-2 virus. På SSI anvender man primere, der knytter sig til E-genet, som anbefalet af WHO og ECDC, idet det er yderst sensitivt og specifikt. Primerne kan ikke binde sig til andre vira og gener, og man sikrer derfor, at der kun tjekkes for infektion med SARS-CoV-2 i testen. Her er to artikler, der underbygger valget af primere mode E-genet:

"Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR" i Eurosurveillance

Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-COV-2 qRT-PCR (pdf) i Medrxiv

Når primerne har bundet sig til arvematerialet opformes det, dvs. at SARS-CoV-2’s arvematerialet amplificeres. I testen tilsættes prober med et flourescerende molekyler, der kun lyser op, hvis denne bindes til SARS-CoV-2 arvemasse.

For at sikre en høj pålidelighed af PCR-testen er det valgt, at kun prøver der ”lyser op” efter maksimum 38 cycler (ct-værdier under eller lig 38) defineres som positive. Denne værdi er valgt ud fra erfaringer med PCR-påvisning af andre virus og ud fra test af kendt negative prøver.

Ct-værdier og infektiøsitet

Ct-værdien (antallet af cycler der er nødvendigt for påvisning af virus i PCR) er et semikvantitativt mål for RNA-mængden i patientprøven. Ct-værdien er afhængig af prøvekvaliteten og af hvornår prøven er taget i smitteforløbet. Ct-værdien er således forbundet med store usikkerheder ift. at bestemme den præcise mængde af virus i personen der har fået taget prøven.

Testcenter Danmark har data på Ct-værdierne, men da testen er kvalitativ, er Ct-værdien kun en værdi, der anvendes til at vurdere om en prøve er positiv eller negativ og til kvaliteteskontrol.

Nyligt publicerede videnskabelige artikler beskriver at Ct-værdien er nært forbundet med evnen til at dyrke virus fra patientprøver. Jo lavere Ct-værdi (større RNA-/virus-mængde), jo lettere er det at dyrke infektiøst virus i cellekulturer. Det er imidlertid erkendt at dyrkning af SARS-CoV-2, i de nuværende dyrkningssystemer, ikke er optimalt, og at der kan være infektiøst virus i prøver, hvor det ikke er muligt at dyrke virus.

Der er for nuværende ikke videnskabelig evidens for, at der er en proportional sammenhæng mellem Ct-værdier / dyrkningsresultater på den ene side og smitsomhed mellem personer på den anden side. Det kræver yderligere videnskabelige undersøgelser at belyse den præcise sammenhæng inden Ct-værdier kan anvendes i smittehåndteringen.

Testen er akkrediteret iht. ISO17025 (akkrediterings nr. 397) af DANAK (det danske myndighedsorgan til kvalitetssikring af diagnostiske tests). SSI deltager i et ekstern kvalitetsprogram, Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD). Instituttet anvender dyrket SARS-CoV-2 virus som positiv kontrol i alle prøveopsæt. På den måde sikres det, at der kan identificeres en positiv og en negativ test hver gang en række tests blive diagnosticeret.

Testens specificitet

Testens specificitet beskriver, hvor ofte, der kommer falsk-positive svar (en personer får besked om, at prøven er positiv, selvom den i virkeligheden er negativ). Både designet, valideringen og udførelse af de diagnostiske PCR-test tilskriver en meget høj specificitet på over 99,9 %. Eksempelvis er der et cut-off for ct-værdier (antallet af cycler der er nødvendigt for påvisning af virus) på 38, hvor falsk positive sædvanligvis har en ct-værdi på omkring 40. I de tilfælde hvor vi har gentestet prøver og/eller sekvenseret dem, er det også vores erfaring, at testen har en meget høj specifitet.

Falsk-positive svar er dog et generelt fænomen der gælder for alle covid-19 PCR-tests. Det kan aldrig udelukkes, at der er enkelte falsk-positive, men det er vurderingen, at det antal falsk-positive svar, der eventuelt måtte være er ganske ubetydeligt, og SSI har da heller ikke kendskab til konkrete falsk-positive svar.

Testens sensitivitet

Testens sensitivitet beskriver hvor ofte, der er falsk-negative svar (en person får besked om, at prøven er negativ, selvom den i virkeligheden er positiv). Det er ikke umiddelbart muligt at udføre større kliniske studier af sensitivitet, idet det, der ikke findes en "facitliste", man kan kontrollere op imod. De PCR-tests, der anvendes på SSI har dog en høj sensitivitet, idet der opereres med en såkaldt analytisk sensitivitet på ganske få covid-19 RNA-kopier.

Det er i stedet i forbindelse med prøvetagningen, at man finder den største risiko for, at et svar ender som et forkert svar. Derfor er det vigtigt, at prøven tages korrekt, således at tilstedeværende virus i svælget overføres til podepinden, så virusmaterialet er til rådighed for den efterfølgende PCR-analyse.

Herudover er der en række andre ting, der kan påvirke analyseresultatet. Det kan fx være hvilken fase af sygdommen, som personen er i. Der går nogle dage før infektionen er ”slået an” og der er virus tilstede i svælget. En anden faktor er, hvorvidt personen har symptomer. Nogle asymptomatiske personer udvikler ikke på noget tidspunkt af infektionen symptomer (”ægte asymptomatiske” personer) mens nogle prøver tages inden, der udvikles symptomer (”præsymptomatiske” personer). Her er det en generel antagelse at ”ægte asymptomatiske” personer udskiller mindre virus end ”præsymptomatiske” personer. Eftersom, at risikoen for et falsk-negativt svar hænger sammen med virusmængden i personens svælg, så er risikoen for falsk-negative svar er større for ”ægte asymptomatiske” personer, end den er for ”præsymptomatiske” og symptomatiske personer.