Sekventering

Sekventering af SARS-CoV-2 er et vigtigt værktøj til brug for overvågning af nye mutationer og varianter, afgræsning af smittekæder, smitteopsporing og inddæmning af infektionen.

Alle organismer har et unikt arvemateriale, DNA eller RNA-kode, som består af en række baser, nukleotider. Kender man rækkefølgen af baser i en organismens arvemateriale, har man identificeret organismens unikke DNA eller RNA-kode.

Hvad er sekventering?

Sekventering er en metode til at finde frem til sekvensen (rækkefølgen) af nukleotider i et bestemt stykke DNA eller RNA. Sekventerer man hele arvematerialet, er der tale om en helgenomsekventering eller fuldgenomsekventering fra det engelske Whole Genome Sequencing (WGS).

Hvad kan sekventering?

Der opstår løbende små ændringer i virus’ arvemateriale (mutationer), når virus kopierer sig. Når en virus muterer, er der risiko for, at virus’ egenskaber ændrer sig, så den fx bliver mere smitsom.

Sekventering af SARS-CoV-2 er et vigtigt værktøj til brug for overvågning af nye mutationer og varianter, afgræsning af smittekæder, smitteopsporing og inddæmning af infektionen. Statens Serum Institut (SSI) har siden marts 2020, i samarbejde med Aalborg Universitet, helgenomsekventeret positive SARS-Cov-2 prøver, der er påvist i Danmark ved COVID-19-test (PCR-test).

Helgenomsekventering har en positiv effekt for håndteringen af COVID-19-håndteringen inden for følgende områder:

  1. Overvågning af nye varianter med ændret potentiale for smitte og sygdomsforløb
  2. Afgrænsning af smittekæder
  3. Afdækning af risikoen for reinfektion
  4. Evaluering af forebyggende tiltag
  5. One Health - smitte mellem dyr og mennesker

Der gives herunder en mere faglig vurdering af, hvordan sekventering bidrager inden for de enkelte områder.

Overvågning af nye varianter med ændret potentiale for smitte og sygdomsforløb

Sekventering kan i kombination med epidemiologiske data afgøre, hvilke virusvarianter der kan give alvorlige sygdomsforløb, være mere smitsomme eller mindre virksomme over for en vaccine. Da SARS-CoV-2 er et nyt virus, får vi hele tiden ny viden på området.

Analyser af sekvenser fra nye varianter med ændret potentiale for smitte, sygdom eller lignende kan give beslutningstagere et helt nyt kvalitativt værktøj til at vurdere, hvilke indsatser der skal implementeres i forhold til bestemte grupper/miljøer. Fx vil det i forbindelse med vaccinationsprogrammer for befolkningen være vigtigt på forhånd at kunne overvåge og bremse smittekæder med virusvarianter, der kan give resistens over for vacciner.

Afgrænsning af smittekæder

Afdækning af smittekæder foregår i dag primært ved, at Styrelsen for Patientsikkerhed henvender sig til alle personer, der er testet positive for at finde ud af hvem, de har været i kontakt med og kan have smittet. Denne proces er tids- og mandskabskrævende og identificerer ikke kontaktsmitte mellem personer, der ikke kender hinanden - fx. ved smitte i den offentlige transport.

Ved hjælp af sekvensanalyse fra et stort antal smittede patienter, kan man se, hvor tæt beslægtede virus fra forskellige personer er, og om de udgør et ”cluster”, dvs. en gruppering af nært beslægtede virus. Når man finder et sådant ”cluster”, tyder det på, at disse personer har smittet hinanden. Dette giver en ekstra dimension i smitteopsporingen, da man kan identificere flere personer, der er del af samme smittekæde. Det muliggør samtidig opdagelsen af smittekæder, der ikke er identificeret igennem den traditionelle smitteopsporing.

Data fra positive covid-19-prøver

Sekvenser fra danske positive covid-19-prøver kan findes på www.covid19genomics.dk (se evt. under statistics).

Desuden er der forskere, som har lavet specifikke datasæt (nextstrain builds) med de danske data – og direkte navngivet ”cluster 5”, se www.nextstrain.org.

Afdækning af reinfektion

Analyser af sekvenser kan være med til at afdække om, der er tale om reinfektion hos personer, dvs. personer der har været testet positive og har overstået infektionen, og som så på ny bliver testet positive. Analysen af prøverne kan vise, hvilken variant individet har været smittet med første gang, og om der er tale om samme variant anden gang, og dermed en reinfektion.
PCR-tests er ikke velegnet til dette, da disse kun delvist eller slet ikke kan skelne mellem virusvarianter. Fx kan en Delta PCR-test ’kun’ afdække, om virus er en ud af flere af de varianter, som testen er opsat til at finde og ikke hvilken eksakt variant, der er tale om.

Evaluering af forebyggende tiltag

Sekventering kan - når det anvendes på prøver fra en større del af befolkningen - give en helt ny indsigt i effekten af tiltag som fx grænseåbninger eller nedlukning af institutioner. Her er det bl.a. muligt at se, om visse coronavirus-stammer kommer fra udlandet, og man vil således kunne undersøge, om smitten kommer via fx turisme, udenlandske arbejdstagere eller hjemvendte danskere.

Ligeledes vil forekomsten og størrelsen af smittekæder på fx institutioner kunne anvendes til at rådgive om tiltag og/eller vurdere effekten af tidligere tiltag.

One Health – smitte mellem dyr og mennesker

SSI er et af de få One Health Institutter, hvor overvågnings- og beredskabsopgaver indenfor både det veterinære og humane område er placeret i den samme organisation. Den øgede kapacitet og det tætte samarbejde mellem den humane og veterinære del af beredskabet gør det muligt at reagere hurtigt og effektivt. Endvidere kan sekventering af prøver fra dyr og mennesker give indikationer af ny smitte mellem dyr og mennesker og dermed medvirke til, at de rette tiltag kan iværksættes hurtigt og effektivt.