Covid-19 - virusvarianter

På Statens Serum Institut holder vi særligt øje med udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter, som formodes at være ekstra smitsomme og/eller har nedsat følsomhed for antistoffer.

Opgørelse over varianter i Danmark

På hjemmesiden covid19genomics.dk er der opgørelser over de virusvarianter, der bliver observeret i Danmark. Opgørelserne over virusvarianter er baseret på et repræsentativt udsnit af positive PCR-tests, som bliver helgenomsekventeret.

Data bliver opdateret hver tirsdag og fredag.

Danish Covid-19 Genome Consortium (DCGC), som står bag hjemmesiden, hjælper offentlige sundhedsmyndigheder med at overvåge spredningen af SARS-CoV-2. Projektet blev etableret i marts 2020 via et samarbejde mellem bl.a. Statens Serum Institut, Aalborg Universitet, Hvidovre Hospital og Aalborg Universitetshospital.

Klassificering af varianter

Se ECDC's og WHO's klassificering af varianter på følgende links:

Beskrivelse af udvalgte virusvarianter

I nedenstående variantbeskrivelser er der fokus på de varianter, som er (eller har været) aktuelle i Danmark.

Virusvariant BA.2.86

Pangolin klassifikation

BA.2.86

Først observeret

Globalt: 24. juli 2023 (Danmark)
Danmark: 24. juli 2023

Spike mutationer

T19I, R21T,A27S,S50L,V127F,G142D,Y144-,F157S,R158G, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, R408S, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, N460K, S477N, T478K, N481K, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, E554K, A570V, D614G, P621S, H655Y, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L,
ΔL24-, ΔP25-, ΔP26-, ΔH69-, ΔV70-, ΔY144-, ΔN211-, ΔV483-

Beskrivelse af BA.2.86

BA.2.86 er en undervariant af BA.2 og er karakteriseret ved et meget højt antal mutationer i Spike genet. Den blev først observeret i en tid hvor XBB rekombinante undervarianter har været altdominerende. Af de bekræftede tilfælde af BA.2.86 har der ikke været et ændret sygdomsbillede, sammenlignet med de andre cirkulerende varianter. De mange mutationer i Spike genet gør at BA.2.86 har en evne til at undvige eksisterende immunitet på et sammenligneligt niveau med de dominerende XBB rekombinante. Samtidig er der mutationer og deletioner i BA.2.86 der ikke tidligere er observeret i SARS-CoV-2, herunder deletionen ΔV483-. Den har dog ikke vist sig at være mere smitsom end de dominerende XBB varianter. Den immunitet der er opnået ved mRNA vaccinerne beskytter også mod alvorlig sygdom fra BA.2.86.

Virusvariant XBB

Pangolin klassifikation

XBB. (rekombination mellem BM.1.1.1 og BJ.1)

Først observeret

Globalt: 6. september 2022 (Singapore, USA)
Danmark: 22. september 2022

Spike mutationer

T19I, A27S,V83A,G142D, H146Q, Q183E, V213E, G252V, G339H, R346T, L368I, S371F, S373P, S375F, T376A, D405N, R408S, K417N, N440K, V445P, G446S, N460K, S477N, T478K, E484A, F486P, F490S, Q498R,N501Y,Y505H,D614G,H655Y,N679K,P681H,N764K,D796Y,Q954H,N969K,
ΔL24-, ΔP25-, ΔP26-, ΔY144-

Beskrivelse af XBB

XBB er en rekombination af to Omikron undervarianter, BM.1.1.1 og BJ.1, der er aliasser for henholdsvis BA.2.75 og BA.2.10.1. Rekombination kan forekomme i virus når en person er inficeret med mere end en virus på samme tid. Herved kan de to virus kombinere arvemateriale fra hinanden og ved videre smitte vil der være opstået en blanding af de to oprindelige virus. Det er uvist hvor præcist denne rekombinant er opstået, men der sås en hurtig spredning globalt af XBB der også yderligere muterede of blev underinddelt til nye varianter. XBB og dens undervarianter har en høj evne til at smitte og dens mange mutationer i Spike genet gør også at varianten har en evne til at undvige eksisterende immunitet. Den har dog ikke et alvorligere sygdomsbillede, sammenlignet med andre Omikron varianter. De variant opdaterede mRNA vacciner yder beskyttelse mod alvorlig sygdom fra XBB rekombinante varianter.

Virusvariant Omikron

Pangolin klassifikation

B.1.1.529, BA.

Først observeret

Globalt: 29. september 2021 (Sydafrika og Botswana)
Danmark: 22. november 2021

Spike mutationer

A67V, T95I, G339D, 371L, 373P, K417N, N440K, G446, 477N, T478K, E484A, Q493R, G496, Q498R, N501Y, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K

Beskrivelse af Omikron

Omikron blev først observeret i slut september 2021 og blev designeret som en VOC den 26. november 2021. Varianten blev designeret som VOC grundet dens meget høje smitsomhed, der var endnu højere end Delta varianten der var dominerende i Danmark da Omikron blev observeret. Delta varianten blev således udkonkurreret af den mere smitsomme Omikron variant der forårsagede en meget stor smittebølge. Varianten viste sig dog at have et mindre alvorligt sygdomsbillede end de tidligere VOC’er. Omikron blev hurtigt underopdelt i varianter med præfiks BA., hvoraf den første set i Danmark var BA.1, der hurtigt blev udkonkurreret af BA.2 undervarianten. Det høje smittetryk gjorde også at Omikron hurtigt tilegnede sig nye mutationer, og blev yderligere underinddelt i nye undervarianter. Immunitet opnået ved mRNA vacciner yder beskyttelse mod alvorlig sygdom fra Omikron og dens undervarianter.

Virusvariant Delta

Pangolin klassifikation

B.1.617.2, AY.

Først observeret

Globalt: 1. marts 2021 (Indien)
Danmark: 29. marts 2021

Spike mutationer

T19R, L452R, T478K, P681R, D950N

Beskrivelse af Delta

Delta blev først observeret i marts 2021 og blev designeret som en VOC den 15. juni 2021. Delta varianten var endnu mere smitsom end Alfa varianten der var dominerende i Danmark på det tidspunkt hvor Delta først blev observeret. Den øgede smitsomhed gjorde Delta i stand til at udkonkurrere Alfa og blev den blev derved den dominerende variant. Samtidig sås også et mere alvorligt sygdomsbillede med Delta, sammenlignet med tidligere varianter. Den definerende Spike mutation for Delta er L452R og mutationen blev benyttet til at opdage varianten ved hjælp af variant specifik PCR. Delta varianten tilegnede sig yderligere mutationer med tiden og varianten blev yderligere underinddelt i varianter der fik præfiks AY. Vaccinerne gav effektiv beskyttelse mod alvorlig sygdom fra Delta.

Virusvariant Gamma

Pangolin klassifikation

B.1.1.281.1 (P.1)

Først observeret

Globalt: 22. september 2020 (Brasilien)
Danmark: 3. marts 2021

Spike mutationer

L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, H655Y, T1027I

Beskrivelse af Gamma

Gamma blev først observeret kort tid efter Alfa og Beta varianterne og blev designeret som en VOC den 29. december 2020. Gamma varianten er ligesom Beta karakteriseret af mutationer i Spike genet der gjorde den i stand til bedre at undvige eksisterende immunitet, og ikke en øget smitsomhed. Dette gav også bekymring overfor de, i slut 2020, netop udrullede vacciners effektivitet. De nye mRNA vacciner viste sig også at give beskyttelse overfor Gamma varianten. Gamma varianten blev meget sjældent observeret i Danmark.

Virusvariant Beta

Pangolin klassifikation

B.1.351

Først observeret

Globalt: 1. september 2020 (Sydafrika)
Danmark: 4. januar 2021

Spike mutationer

D80A, D215G, K417N, E484K, N501Y, A701V, ΔL241-, ΔL242-, ΔA243-

Beskrivelse af Beta

Beta blev først observeret på samme tid som Alfa og blev designeret som en VOC den 29. december 2020. Beta havde ikke en øget evne til at smitte, men dens definerende mutationer i Spike genet gjorde den i stand til at undvige eksisterende immunitet. Dette gav også bekymring overfor de, i slut 2020, netop udrullede vacciners effektivitet. Senere studier viste dog at de nye mRNA vacciner ydede effektiv beskyttelse overfor Beta varianten. Beta varianten blev kun sporadisk set i Danmark.

Virusvariant Alfa

Pangolin klassifikation

B.1.1.7

Først observeret

Globalt: 1. september 2020 (England)
Danmark: 14. september 2020

Spike mutationer

N501Y, A570D, P681H, T7161, S982AA, D1118H,
ΔH69-, ΔV70-, ΔY144-, ΔY145-

Beskrivelse af Alfa

Alfa var den første SARS-CoV-2 variant der blev defineret som en Variant Of Concern (VOC) den 20. december 2020. Dette skyldes variantens øgede evne til at smitte i forhold til de eksisterende varianter. Den udkonkurrerede dermed de index-lignende varianter og blev den mest dominerende variant i Danmark.

 

Risikovurderingsgruppen vedr. SARS-CoV-2-varianter

Risikovurderingsgruppen vurderede og rådgav om potentielle problematiske SARS-CoV-2-varianter i perioden 3. juni 2021 til 7. september 2023.

Ønsker du adgang til referaterne fra gruppens møder, skal du skrive en mail til IBSekretariat@ssi.dk.