Beskrivelse af udvalgte virusvarianter

Her kan du finde beskrivelser af udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter, som vi på Statens Serum Institut holder særligt øje med, da de formodes at være ekstra smitsomme og/eller har nedsat følsomhed for antistoffer.

Find de seneste opgørelser over udviklingen af udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter.

Variants of Concern (VOC)

  Først
opdaget
Mere
smitsom
Øget sygdom
og død
Nedsat følsomhed
over for antistoffer*
Vaccineeffekt
Alfa
B.1.1.7

England
September 2020

Ja Ja Nej Bevaret
Beta
B.1.351

Sydafrika
Oktober 2020

Ja Formentlig Ja Bevaret
Gamma
P.1
Brasilien/Japan 
Januar 2021
Ja Formentlig Ja Bevaret

Delta
B.1.617.2

Indien
December 2020
Ja Formentlig Ja Bevaret**

*Nedsat følsomhed over for antistoffer betyder ikke nødvendigvis, at vacciners effekt er nedsat i forhold til klinisk sygdom og død efter færdig vaccination.

**Nedsat effekt efter kun et stik, men bevaret effekt efter to stik.

 

Beskrivelse af udvalgte virusvarianter og mutationer

Læs mere om de forskellige virusvarianter og mutationer nedenfor.  

Virusvariant B.1.1.7 (Alfa)

Kort fortalt om B.1.1.7 (Alfa)

B.1.1.7 blev påvist første gang i England i september 2020 og i Danmark i november 2020.

Smitsomhed
B.1.1.7 vurderes til at være mere smitsom end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter. B.1.1.7 har mutationen N501Y, som er kædet sammen med øget smitsomhed. B.1.1.7 blev i februar 2021 den dominerende variant i Danmark. Den øgede smitsomhed kan skyldes en bedre binding af virus til celler i luftvejene. 

Alvorlig sygdom og død
Flere studier har undersøgt, om B.1.1.7 medfører alvorligere sygdom. En undersøgelse fra SSI viser, at der er ca. 60% øget risiko for indlæggelse ved smitte med B.1.1.7 sammenlignet med andre varianter. Andre studier støtter op om dette, hvorfor det anses for at være sandsynligt, at B.1.1.7 giver et alvorligere sygdomsforløb.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
En række studier støtter, at varianten kun har let nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer. Dette anses ikke for at have betydning for effektivitet af godkendte vacciner (Pfizer-BioNTech, Moderna, AstraZeneca), hvilket støttes af kliniske data. Dvs. godkendte vacciner forventes at virke stort set lige så godt imod B.1.1.7 som imod ikke-muteret virus.


Udvidet beskrivelse af B.1.1.7

B.1.1.7 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der først blev påvist september 2020 i England. Den blev den dominerende variant i England i december 20201. I Danmark har vi første gang påvist B.1.1.7 i prøver fra 14. november 2020. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.1.7. Virusvarianten kaldes også for VOC 202012/01 (Variant Of Concern, år 2020, måned 12, variant 01). Den er også blevet kaldt 501Y.V1 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage B.1.1.7 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Varianten har ni genetiske ændringer i spikeproteinet, som er en af virussets overfladeproteiner. Det drejer sig om deletioner af i alt tre aminosyrer (H69-V70 og Y144) og seks mutationer (N501Y, A570D, P681H, T7161, S982AA, D1118H)2.

Denne variant er mere smitsom end den oprindelige SARS-CoV-2 variant. Den øgede smitsomhed er fundet til at være mellem 35-90%1,3-5. I Danmark er det relative kontakttal for B.1.1.7 fundet til at være 1,55 gange højere end for andre varianter d. 31. januar 2021. Det betyder, at B.1.1.7 er 55% mere smitsomme end de andre varianter. B.1.1.7 blev medio marts 2021 den dominerende variant i Danmark. Varianten har mutationen N501Y, der har vist at øge bindingen til angiotensin-converting enzym-2 (ACE2) receptor, som medierer virus transport ind i de humane celler1, 6. Mutationen P681H støder op til et furin klævningssite på spikeproteinet, og kan potentielt have indflydelse på replikation og spredning af virusset. Den underliggende mekanisme for B.1.1.7s øgede smitsomhed er ikke endelig klarlagt, men det anses i øjeblikket for sandsynligt at mutationerne N501Y og P681H samt deletion 69-70 medvirker til den øgede smitsomhed1,6-8.

Flere studier undersøger om B.1.1.7 medfører alvorligere sygdom. Der er fundet blandede resultater, men de seneste studier finder, at B.1.1.7 medfører alvorligere sygdom og død end den oprindelige SARS-CoV-2 variant9-15. En undersøgelse fra SSI viser, at der er ca. 60% øget risiko for indlæggelse ved smitte med B.1.1.7 sammenlignet med smitte med andre varianter12, hvilket stemmer overens med andre studier fra England9-12. På baggrund af de nu kendte undersøgelser konkluderer vi, at det er sandsynligt, at B.1.1.7 kan give et alvorligere sygdomsforløb.

En række studier støtter, at varianten i in vitro laboratorieforsøg har let nedsat følsomhed over for de neutraliserende antistoffer, som findes i sera fra mennesker, som har overstået et naturligt sygdomsforløb eller sera fra vaccinerede individer15-20.

De godkendte vacciner giver et bredt immunrespons, både cellemedieret og antistofbaseret21-23. Resultater fra in vitro forsøg, som viser, at B1.1.7 varianten har let nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer, anses ikke for at have betydning for effektivitet af godkendte vacciner (Pfizer-BioNTech, Moderna, AstraZeneca), hvilket også støttes af kliniske data 19,20.

I England har man fundet B.1.1.7 med en yderligere mutation i det receptor-bindende domæne på spikeproteinet - nemlig E484K6. Dette giver anledning til øget opmærksomhed, da studier har vist, at denne mutation giver yderligere nedsat følsomhed for neutraliserende antistoffer21,22. De første tilfælde af E484K mutationen er blevet fundet i Danmark i slutningen af marts og starten af april.
 

Referencer

  1. Leung K at al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  2. ECDC, 21. januar 2021: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf (pdf)
  3. 3. Davies NG et al. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science (2021). https://doi.org/10.1126/science.abg3055
  4. Vöhringer H et al. Lineage-specific growth of SARS-CoV-2 B.1.1.7 during the English national lockdown. Preliminary report:
    https://virological.org/t/lineage-specific-growth-of-sars-cov-2-b-1-1-7-during-the-english-national-lockdown/575
  5. Washington NL et al. Genomic epidemiology identifies emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.06.21251159v1
  6. Gu H et al. Adaptation of SARS-CoV-2 in BALB/c mice for testing vaccine efficacy. Science (September 2020). DOI: 10.1126/science.abc4730
  7. Brown JC et al. Increased transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 (VOC 202012/01) is not accounted for by a replicative advantage in primary airway cells or antibody escape. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.24.432576v2.full
  8. Kemp SA et al. Recurrent emergence and transmission of SARS-CoV-2 spike deletion H69/V70. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v6
  9. Davies NG et al. Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03426-1
  10. Grint AD et al. Case fatality risk of the SARS-CoV-2 variant of concern B.1.1.7 in England. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2
  11. NERVTAG paper on COVID-19 variant of concern B.1.1.7
    https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-paper-on-covid-19-variant-of-concern-b117
  12. Graham MS et al. The effect of SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 on symptomatology, re-infection and transmissibility. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.28.21250680v1
  13. Challen R et al. Risk of mortality in patients infected with SARS-COV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJ 2021; 372:n579 https://doi.org/10.1136/bmj.n579
  14. Bager P et al. : Increased risk of hospitalisation associated with infection with SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Denmark. Lancet [Preprint]: https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894
  15. Muik A et al. Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine – elicited human sera. Science 29, January 2021. :
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/28/science.abg6105
  16. Collier D et al. SARS-CoV-2 B.1.1.7 escape from mRNA vaccine-elicited neutralizing antibodies. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.19.21249840v4
  17. Xie X et al. Neutralization of SARS-CoV-2 spike 69/70 deletion, E484K, and N501Y variants by BNT162b2 vaccine-elicited sera. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/27/2021.01.27.427998.abstract
  18. Wang Z et al. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/30/2021.01.15.426911.abstract
  19. Wu K et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/25/2021.01.25.427948.abstract
  20. Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant - Variant of Concern 202012 / 01. Technical briefing 4. 2021.:
    https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201

Virusvariant B.1.351 (Beta)

Kort fortalt om B.1.351 (Beta)

B.1.351 blev påvist første gang i Sydafrika i oktober 2020 og i Danmark i januar 2021.

Smitsomhed
Det er ikke bekræftet, at denne variant er mere smitsom, men varianten har mutationen N501Y, som er kædet sammen med øget smitsomhed.

Alvorlig sygdom og død
Det vides endnu ikke, om denne variant kan give alvorligere sygdomsforløb. 

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
B.1.351 har mutation E484K. B.1.351 har en nedsat følsomhed for antistoffer, hvilket giver en øget opmærksomhed i forhold til vacciners effekt og risikoen for at blive smittet igen. Godkendte vacciner forventes dog at have en vis effekt over for B.1.351.


Udvidet beskrivelse af B.1.351

B.1.351 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der første gang blev påvist i oktober 2020 i Sydafrika og derefter hurtigt blev den dominerende variant i flere provinser i landet. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.351. Virusvarianten kaldes også for VOC 202012/02 (Variant Of Concern, år 2020, måned 12, variant 02). Den er også blevet kaldt 501Y.V2 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20C i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage B.1.351 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Den er karakteriseret ved at have flere mutationer i spikeproteinet; D80A, D215G, K417N, E484K, A701V, N501Y1. Tre af disse mutationer er i det receptor-bindende domæne (K417N, E484K og N501Y)2.

Særligt mutationerne i det receptor-bindende domæne gør forskere bekymrede. Det er muligt, at nogle af disse, hver for sig eller i kombination, har betydning for variantens smitsomhed eller nedsatte følsomhed for antistoffer3. Undersøgelser tyder på, at mutationen N501Y kan medvirke til øget smitsomhed muligvis på grund af stærkere binding til ACE2-receptoren4. Det kunne også tyde på øget smitsomhed, da varianten inden for uger blev den dominerende variant i Sydafrika3, hvilket understøttes af foreløbige fund fra et matematisk modelleringsstudie5. Hvorvidt denne variant giver alvorligere sygdomsforløb vides endnu ikke.

En række studier støtter, at varianten in vitro har moderat til udtalt nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer. Dette er primært forårsaget af E484K-mutationen samt muligvis også K417N-mutationen5-8. På trods af den nedsatte følsomhed over for antistoffer, forventes de godkendte vacciner at have en vis effekt om end nedsat over for B.1.3519,10. Dette skyldes, at de godkendte vacciner giver et bredt immunrespons, både cellemedieret og antistofbaseret11-13.

Der er d. 15. januar 2021 påvist det første tilfælde med B.1.351 i Danmark. Der er indtil videre registreret et begrænset antal tilfælde i Danmark.

Referencer

  1. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.351.html
  2. ECDC, 15. februar 2021 https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-risk-assessment-variants-vaccine-fourteenth-update-february-2021
  3. Tegally H et al. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa”; [preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.21.20248640v1
  4. Leung K et al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106:
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  5. Wibmer CK et al. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.427166v2
  6. Garcia-Beltran WF et al. Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humural immunity. Cell [Preprint]: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.013
  7. Liu Y et al. Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. The New England Journal of Medicine (2021). https://doi.org/10.1056/NEJMc2102017
  8. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  9. Jangra S et al. The E484K muntaiton in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  10. Pressemeddelelse fra Moderna, 25. januar 2021, Moderna COVID-19 Vaccine Retains Neutralizing Activity Against Emerging Variants First Identified in the U.K. and the Republic of South Africa
    https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-covid-19-vaccine-retains-neutralizing-activity-against/
  11. Comirnarty, INN-COVID-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_en.pdf
  12. COVID-19 Vaccine AstraZeneca. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-astrazeneca-product-information-approved-chmp-29-january-2021-pending-endorsement_en.pdf
  13. COVID-19 Vaccine Moderna, INN-Covid-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-moderna-epar-product-information_en.pdf

Andre links
NOTAT. Sundhedsfaglig vurdering af den sydafrikanske variant af SARS-CoV-2, 15. januar 2021 (pdf)

Virusvariant P.1 (Gamma)

Kort fortalt om P.1 (Gamma)

P.1 blev påvist første gang i Brasilien og Japan i januar 2021. I Danmark blev det første tilfælde af P.1 fundet i slutningen af februar.

Smitsomhed
Denne variant har mutation N501Y, som også findes i B.1.1.7 og B.1.351, og som er kædet sammen med øget smitsomhed. Der er derfor stærk mistanke om, at P.1 har øget smitsomhed, men dette er ikke endeligt bevist.

Alvorlig sygdom og død
Det vides endnu ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Denne variant har mutation E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for antistoffer. Samlet set støtter data, at godkendte vacciner forventes at have effekt overfor P1.


Udvidet beskrivelse af P.1

I januar 2021 rapporterede Brasilien og Japan om en ny SARS-CoV-2-variant, P.1, der første gang blev fundet i Manaus, Brasilien og hos rejsende fra Japan, der havde været i Brasilien. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet P.11. Virusvarianten kaldes også for VOC 202101/02 (Variant Of Concern, år 2021, måned 01, variant 02). Den er også blevet kaldt 501Y.V3 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage P.1 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Varianten har ti mutationer i spikeproteinet; L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, H655Y og T1027I2.

Det er særligt mutationerne N501Y, K417T og E484K, som er biologisk vigtige3. Da denne variant har mutationen N501Y, som varianterne B.1.1.7 og B.1.351 også har, er der stor mistanke om, at denne variant har øget smitsomhed, men dette er ikke endeligt bevist. Læs mere om N501Y i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Det vides ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom.

Denne variant har mutationen E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for neutraliserende antistoffer4,5, læs mere om E484K i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. P.1 var den dominerende variant i den anden COVID bølge i Manaus i Brasilien startende i december 2020, hvilket kunne tyde på at immuniteten fra den første bølge med ikke-muteret virus, som ramte Manaus i marts-april 2020, ikke giver komplet beskyttelse imod varianten3,6. Det vides dog, at efter naturlig sygdom falder immunitet imod re-infektion over tid, dvs. det vides ikke, om dominansen af P.1 i den anden COVID bølge i Manaus i Brasilien skyldes manglende kryds-beskyttelse fra tidligere infektion med ikke-muteret virus eller fx øget smitsomhed af P1-virus.

En række studier støtter, at varianten in vitro har nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer, forårsaget primært af E484K-mutationen (se flere detaljer for denne i et separat afsnit)7-9. Hvad angår potentiel risiko for svigt af vacciner er mutationsprofilen af P.1 mindre alvorlig end for B1.351. Samlet set forventes de godkendte vacciner derfor at have effekt overfor P1. Dette skyldes, at de godkendte vacciner giver et bredt immunrespons, både cellemedieret og antistofbaseret10-12.
 

Referencer

  1. ECDC, 21. Januar 2021
    https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf (pdf)
  2. https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html
  3. Faria NR et al. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
    https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586
  4. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  5. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  6. Sabino EC et al. Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence. Lancet. 2021;397(10273):452–5, doi:10.1016/ S0140-6736(21)00183-5
  7. Souza WM et al. Levels of SARS-CoV-2 lineage P.1 neutralization by antibodies elicited after natural infection and vaccination. Lancet. [Preprint]: https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3793486
  8. Jangra S et al. The E484K muntaiton in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  9. Hoffmann M et al. SARS-CoV-2 variants B.1.451 and B.1.1.248: Escape from therapeutic antibodies and antibodies induced by infection and vaccination. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/node/1785490.abstract
  10. Comirnarty, INN-COVID-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_en.pdf
  11. COVID-19 Vaccine AstraZeneca. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-astrazeneca-product-information-approved-chmp-29-january-2021-pending-endorsement_en.pdf
  12. COVID-19 Vaccine Moderna, INN-Covid-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-moderna-epar-product-information_en.pdf

Virusvariant B. 1.617.2 (Delta)

Kort fortalt om B.1.617.2 (Delta)

B.1.617.2- varianten, også kaldet Delta, blev påvist første gang i Indien i december 2020 og i april 2021 i Danmark.

Smitsomhed
B.1.617.2 har øget smitsomhed og udkonkurrerer B. 1.1.7-varianten (også kaldet Alfa) i flere lande.

Alvorlig sygdom og død
Foreløbig data tyder på, at denne variant medfører mere alvorlig sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Der er svag/moderat nedsat neutraliseringsevne af antistoffer over for B.1.617.2.
Nedsat effekt af vaccine efter første stik, men bevaret effekt efter andet stik.


Udvidet beskrivelse af B.1.617.2

Delta-varianten er en virusvariant, der første blev påvist december 2020 i Indien. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.617.2. I april 2021 blev der observeret en eksponentiel stigning i smittetilfælde i Indien, og det formodes, at B.1.617.2 har haft en afgørende betydning for denne udvikling1. Efterfølgende er den også blevet den dominerende variant i Storbritannien2.

Varianten tilhører clade 20A i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage B.1.617.2 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Delta-varianten er karakteriseret ved mutationerne T19R, del 157-158, L452R, T478K, D614G, P681R og D950N1.

Denne variant er mere smitsom end den oprindelige SARS-CoV-2 variant og også mere smitsom end alfa-varianten (B.1.1.7). I Storbritannien ses varianten at udkonkurrere alfa-varianten. Sundhedsmyndighederne i Storbritannien har estimeret, at varianten er 1,64 [95% CI: 1,26 - 2,13] gange mere smitsom end alfa-varianten2. En forklaring kan være, at L452R og P681R kan medføre øget bindingen til angiotensin-converting enzym (ACE2) receptoren, som medierer virus transport i de humane celler3.

Data for covid-19 indlæggelser fra England og Skotland tyder på, at smitte med delta-varianten er forbundet med en højere risiko for indlæggelse sammenlignet med andre varianter herunder alfa-varianten2. Der er behov for opdaterede analyser til at bekræfte størrelsen på risikoforøgelsen.

Laboratorieforsøg, der har undersøgt neutraliserende antistoffers effekt (efter infektion og efter vaccine), viser nedsat neutraliseringsevne af antistoffer over for delta-varianten4,5. Mutationer på position 484 i spikegenet er vel beskrevet i andre varianter, der udviser nedsat følsomhed mod antistoffer (B.1.351 og P.1)6-10. Mutationen L452R, er i laboratorieforsøg associeret med nedsat følsomhed for antistoffer udviklet til behandling af covid-19 og antistoffer fra patienter der er kommet sig efter covid-1911-17.

De godkendte vacciner giver både cellemedierede of antistofbaserede immunrespons18-20 og et laboratoriestudie finder at T-celle responset fra tidligere infektion og vaccineinduceret ikke er særlig påvirket af de kendte mutationer fra tidligere varianter21. En tidlig undersøgelse fra England finder, at delta-varianten viser nedsat følsomhed efter 1. vaccination over for symptomatisk sygdom med både Pfizer/BioNTech og AstraZeneca, men efter anden dosis er forskellen meget beskeden22. Yderligere undersøgelser antyder dog, at der er god effekt af Pfizer/BioNTech og AstraZeneca på alvorlig sygdom også efter bare 1 stik23.

Referencer

  1. ECDC. Threat Assessment Brief. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.617 variants in India and situation in the EU/EEA. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Emergence-of-SARS-CoV-2-B.1.617-variants-in-India-and-situation-in-the-EUEEA_0.pdf
  2. Public Health England. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 15.
    https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993198/Variants_of_Concern_VOC_Technical_Briefing.pdf
  3.  Cherian S et al. Convergent evolution of SARS-CoV-2 spike mutations, L452R, E484Q and P681R, in the second wave of COVID-19 in Maharashtra, India. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.22.440932v2
  4.  Planas D et al. Reduced Sensitivity of Infectious SARS-CoV-2 Variant B.1.617.2 to Monoclonal Antibodies and Sera from Convalescent and Vaccinated Individuals. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.26.445838v1
  5. Wall EC et al. Neutralising antibody activity against SARS-CoV-2 VOCs B.1.617.2 and B.1.351 by BNT162b2 vaccination. The Lancet. 2021;0(0). doi:10.1016/S0140-6736(21)01290-3
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01290-3/fulltext
  6.  Jangra S et al. The E484K mutation in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  7.  Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  8. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. Cell Host & Microbe February 2021: https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.02.003
  9. Garcia-Beltran WF et al. Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humural immunity. Cell [Preprint]: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.013
  10. Liu Y et al. Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. The New England Journal of Medicine (2021). https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2102017
  11.  Li Q et al. The Impact of Mutations in SARS-CoV-2 Spike on viral Infectivity and Antigenicity. Cell 2020 Sep 3; 182(5):1284-1294.e9 doi: 10.1016/j.cell.2020.07.012
  12.  Tchesnokova V et al. Acquisition of the L452R mutation in the ACE2-binding interface of Spike protein triggers recent massive expansion of SARS-CoV-2 variants. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.22.432189v2.full
  13.  McCallum M et al. SARS-CoV-2 immune evasion by variant B.1.427/B.1.429. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.31.437925v1
  14. Starr TN et al. Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016.Cell Rep Med. 2021 Apr 5;100255. doi: 10.1016/j.xcrm.2021.100255.
  15.  Islam SkR et al. Structural basis of fitness of emerging SARS-CoV-2 variants and considerations for screening, testing and surveillance strategy to contain their threat. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.28.21250666v1.full-text
  16.  Motozono C et al. An emerging SARS-CoV-2 mutant evading cellular immunity and increasing viral infectivity. [Preprint]: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.04.02.438288v1.full
  17. Deng X et al. Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.07.21252647v1
  18.  Comirnarty, INN-COVID-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_en.pdf
  19.  COVID-19 Vaccine AstraZeneca. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-astrazeneca-product-information-approved-chmp-29-january-2021-pending-endorsement_en.pdf
  20.  COVID-19 Vaccine Moderna, INN-Covid-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-moderna-epar-product-information_en.pdf
  21.  Tarke A. et al. Negligible impact of SARS-CoV-2 variants on CD4+and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees. [Preprint]: https://doi.org/10.1101/2021.02.27.433180
  22.  Bernal JL et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against the B.1.617.2 variant. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.05.22.21257658v1#:~:text=Results%3A%20Effectiveness%20was%20notably%20lower,similar%20results%20for%20both%20vaccines.
  23. Stowe J et al. Effectiveness of COVID-19 vaccines against hospital admission with the Delta (B.1.617.2) variant. [Preprint]: https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https%3A%2F%2Fkhub.net%3A443%2Fweb%2Fphe-national%2Fpublic-library%2F-%2Fdocument_library%2Fv2WsRK3ZlEig%2Fview%2F479607266


Virusvariant B. 1.525 (Eta)

Kort fortalt om B.1.525 (Eta)

B.1.525 blev påvist første gang i Storbritannien og Nigeria i december 2020 og er også fundet i Danmark første gang i januar 2021.

Smitsomhed
Indtil videre er der intet, der tyder på, at B.1.525 er mere smitsom end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter.

Alvorlig sygdom og død
Indtil videre er der intet, der tyder på, at B.1.525 giver et alvorligere sygdomsforløb end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
B.1.525 har mutation E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for antistof. Nedsat følsomhed over for antistoffer bekymrer i forhold til vacciners effekt på denne variant og risiko for reinfektion. Samlet set støtter data, at godkendte vacciner forventes at have effekt over for B.1.525.


Udvidet beskrivelse af B.1.525

B.1.525 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der første gang blev påvist i december 2020 i Storbritannien og Nigeria og er efterhånden fundet over hele verden inklusiv Danmark.

Varianten tilhører clade 19B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org) og lineage B.1.525 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Den er karakteriseret ved at have flere mutationer i spikeproteinet; L4175F, Q52R, E484K, Q677H, F888L, L21F, I82T1.

Det er særligt mutationen E484K, som også findes hos varianterne B.1.351 og P.1., der er bekymrende, da den vurderes at medføre nedsat følsomhed over for antistoffer2-6. Nedsat følsomhed for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant og dermed risikoen for reinfektion.
Læs mere om E484K længere nede på siden.

Der er indtil videre intet, der tyder på, at denne variant giver et alvorligere sygdomsforløb eller har øget smitsomhed. Samlet set forventes de godkendte vacciner at have effekt over for B.1.525. Dette skyldes, at de godkendte vacciner har et bredt immunrespons, både cellemedieret og antistofbaseret7-9.

Referencer

  1. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html#table2link
  2. Jangra S et al. The E484K mutation in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  3. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  4. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. Cell Host & Microbe February 2021: https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.02.003
  5. Garcia-Beltran WF et al. Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humural immunity. Cell [Preprint]: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.013
  6. Liu Y et al. Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. The New England Journal of Medicine (2021). https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2102017?articleTools=true
  7. Comirnarty, INN-COVID-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_en.pdf
  8. COVID-19 Vaccine AstraZeneca. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-astrazeneca-product-information-approved-chmp-29-january-2021-pending-endorsement_en.pdf
  9. COVID-19 Vaccine Moderna, INN-Covid-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-moderna-epar-product-information_en.pdf


Mutation E484K

Kort fortalt om E484K

Mutationen E484K har vist sig at findes i flere varianter af SARS-CoV-2. I flere lande, heriblandt Danmark, har man fundet mutationen i B.1.1.7. Den findes også i B.1.351, P.1, P.2 og B.1.525.

Smitsomhed
Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv giver øget smitsomhed.

Alvorlig sygdom og død
Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv giver alvorligere sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Studier har vist, at mutationen E484K giver nedsat følsomhed over for antistoffer.
Det vurderes dog, at den potentielle risiko for svigt af vacciner ved E484K-mutationen i sig selv er mindre alvorlig, end når mutationen optræder i kombination med en lang række andre mutationer, som fx hos varianten B.1.351 (se beskrivelse af B.1.351).
Samlet forventes godkendte vacciner at fortsat at have effekt overfor nuværende virusvarianter, som bærer E484K-mutationen.


Udvidet beskrivelse af E484K

E484K-mutationen er en substitution af Glutamat (E) på position 484 i det receptorbindende domæne på spikeproteinet. Denne mutation er opstået uafhængigt flere steder globalt og i kombination med andre spikeproteinmutationer i varianter som fx B.1.351 (Sydafrika), P.1, P2 (Brasilien), B.1.525 (Vestafrika) og B.1.526 (New York). E484K-mutationen er også set blandt B.1.1.7-varianten i flere europæiske lande. B.1.525 er en variant af interesse blandt andet i Danmark, hvor E484K-mutationen optræder sammen med F888L-mutationen1.

Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv medfører en øget smitsomhed.

En række studier har vist, at mutationen udviser moderat nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer i in vitro studier. Mutationen anses for at være en escape-mutation, dvs. en mutation som kan opstå uafhængigt i forskellige virus varianter under deres udvikling som følge af selektivt pres på virus fra immunforsvaret i smittede mennesker2-6. En række nye studier har vist, at sera fra individer vaccineret med Pfizer-BioNTech- og Modernavacciner har nedsat neutraliserende effektivitet over for især variant B.1.351, der netop indeholder mutationen E484K2. Det forventes dog ikke at nedsætte vaccineeffektiviteten i væsentlig grad, da de godkendte vacciner giver et bredt immunrespons, både cellemedieret og antistofbaseret7-9.

Det vurderes dog, at den potentielle risiko for svigt af vacciner ved E484K-mutationen i sig selv er mindre alvorlig, end når mutationen optræder i kombination med en lang række andre mutationer, som fx hos varianten B.1.351.
   

Referencer

  1. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html#table2link
  2. Jangra S et al. The E484K mutation in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  3. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  4. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  5. Garcia-Beltran WF et al. Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humural immunity. Cell [Preprint]: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.013
  6. Liu Y et al. Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. The New England Journal of Medicine (2021). https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2102017?articleTools=true
  7. Comirnarty, INN-COVID-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/comirnaty-epar-product-information_en.pdf
  8. COVID-19 Vaccine AstraZeneca. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-astrazeneca-product-information-approved-chmp-29-january-2021-pending-endorsement_en.pdf
  9. COVID-19 Vaccine Moderna, INN-Covid-19 mRNA Vaccine. Summary of Product Characteristics. https://www.ema.europa.eu/en/documents/product-information/covid-19-vaccine-moderna-epar-product-information_en.pdf
     

Mutation N501Y

Kort fortalt om N501Y

Mutationen N501Y har vist sig i flere varianter af SARS-CoV-2 bl.a. B.1.1.7 og B.1.351. Mutationen blev set første gang i Wales i september 2020.

Smitsomhed
Man formoder, at N501Y spiller en rolle i den øgede smitsomhed i B.1.1.7 og B.1.351.

Alvorlig sygdom og død
Det er sandsynligt, at B.1.1.7 giver et alvorligere sygdomsforløb. Hvorvidt N501Y-mutationen er medvirkende til det, det vides endnu ikke.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
En række studier støtter, at selv om N501Y kan give nedsat effektivitet af visse monoklonale antistoffer, påvirker mutationen ikke effektiviteten af neutraliserende antistoffer, som induceres ved vaccination. Samlet forventes godkendte vacciner at have effekt overfor nuværende virus varianter, som bærer N501Y-mutationen.


Udvidet beskrivelse af N501Y

N501Y-mutationen er en substitution af Asparagine (N) med Tyrosine (Y) i det receptorbindende domæne på spikeproteinet. Denne mutation er opstået uafhængigt flere steder globalt, kombineret med andre spikeproteinmutationer, i varianter som fx B.1.1.7 (England), B.1.351 (Sydafrika) og P.1 (Brasilien). Man formoder, at N501Y-mutationen spiller en rolle for B.1.1.7 og B.1.351's øgede smitsomhed1-4. Et studie fra England har undersøgt smitsomheden for to forskellige varianter med N501Y, hvor begge varianter var mere smitsomme end den oprindelige SARS-CoV-2 variant1.

Mutationen N501Y har vist at øge bindingen til angiotensin-converting enzym-2 (ACE2)-receptor, som medierer virus transport ind i de humane celler, det kan være med til at øge smitsomheden. Præliminære undersøgelser har indikereret, at mutationen N501Y kan medvirke til øget smitsomhed igennem en beregnet stærkere binding til ACE2-receptoren1,5,6. N501Y findes i fx B.1.1.7, B1.351 og P.1, og baseret på data for disse varianter og en række studier i øvrigt, giver N501Y-mutationen kun let nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer, som findes i sera fra mennesker, som har overstået et naturligt sygdomsforløb eller sera fra vaccinerede individer (konvalescente sera), og N501Y har god følsomhed overfor antistoffer, som induceres ved vaccination7-13. Samlet set støtter data dermed, at godkendte vacciner forventes at have effekt overfor nuværende virusvarianter, som bærer N501Y-mutationen.
 

Referencer

  1. Leung K at al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106:
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  2. Davies NG et al. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science (2021). https://doi.org/10.1126/science.abg3055
  3. Washington NL et al. Genomic epidemiology identifies emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.06.21251159v1
  4. Pearson C et al. Estimates of severity and transmissibility of novel SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 in South Africa. [Preprint]:
    https://cmmid.github.io/topics/covid19/sa-novel-variant.html
  5. Villoutreix BO et al. In silico investigation of the new UK (B.1.1.7) and South African (501Y.V2) SARS-CoV-2 variants with a focus at the ACE2-spike RBD interface. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.24.427939v1
  6. Luan B et al. Molecular Mechanism of the N501Y Mutation for Enhanced Binding between SARS-CoV-2’s Spike Protein and Human ACE2 Receptor. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.04.425316v1.full
  7. Muik A et al. Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine – elicited human sera. Science 29, January 2021. :
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/28/science.abg6105
  8. Collier D et al. SARS-CoV-2 B.1.1.7 escape from mRNA vaccine-elicited neutralizing antibodies. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.19.21249840v4
  9. Xie X et al. Neutralization of SARS-CoV-2 spike 69/70 deletion, E484K, and N501Y variants by BNT162b2 vaccine-elicited sera. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/27/2021.01.27.427998.abstract
  10. Wang Z et al. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants. [Preprint]:
    http://biorxiv.org/content/early/2021/01/30/2021.01.15.426911.abstract
  11. Wu K et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/25/2021.01.25.427948.abstract
  12. Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant - Variant of Concern 202012 / 01. Technical briefing 4. 2021.:
    https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201
  13. Bernal JL et al. Early effectiveness of COVID-19 vaccination with BNT162b2 mRNA vaccine and ChAdOx1 adenovirus vector vaccine on symptomatic disease, hospitalisations and mortality in older adults in England. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.01.21252652v1