Beskrivelse af udvalgte virusvarianter og mutationer

Her kan du finde beskrivelser af udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter og mutationer, som vi på Statens Serum Institut holder særligt øje med, da de formodes at være ekstra smitsomme og/eller have nedsat følsomhed for antistoffer.

Find de seneste opgørelser over udviklingen af udvalgte SARS-CoV-2-virusvarianter og mutationer.

Variants of Concern (VOC)

  Først opdaget Øget smitsomhed Øget sygelighed/dødelighed Nedsat følsomhed over for antistoffer Nedsat effekt over for vacciner*
B.1.1.7

England
September 2020

Ja Formentlig Let Formentlig ikke
B.1.351

Sydafrika
Oktober 2020

Formentlig Undersøges Ja Undersøges
P.1 Brasilien/Japan 
Januar 2021
Formentlig Undersøges Formentlig Undersøges

*Nedsat følsomhed over for antistoffer betyder ikke nødvendigvis, at vacciners effekt er nedsat i forhold til klinisk sygdom.

Beskrivelse af virusvarianter og mutationer

Læs mere om de forskellige virusvarianter og mutationer nedenfor.

Virusvariant B.1.1.7

Kort fortalt om B.1.1.7

B.1.1.7 blev påvist første gang i England i september 2020 og i Danmark i november 2020.

Smitsomhed
B.1.1.7 vurderes til at være mere smitsom end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter. B.1.1.7 har mutationen N501Y, som er kædet sammen med øget smitsomhed. B.1.1.7 blev i februar 2021 den dominerende variant i Danmark. Smitsomheden kan skyldes en bedre binding af virus til celler i luftvejene. 

Alvorlig sygdom og død
Flere studier har undersøgt, om B.1.1.7 medfører alvorligere sygdom. Der er fundet blandede resultater. En undersøgelse fra SSI viser, at der er ca. 60% øget risiko for indlæggelse ved smitte med B.1.1.7 sammenlignet med andre varianter. Det er derfor sandsynligt, at B.1.1.7 giver et alvorligere sygdomsforløb.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Foreløbige resultater indikerer kun let nedsat følsomhed over for antistoffer, men det tyder på, at  vaccinerne (Pfizer-BioNTech, Moderna, AstraZeneca) virker stort set lige så godt på B.1.1.7 som på de fleste andre varianter.


Udvidet beskrivelse af B.1.1.7

B.1.1.7 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der først blev påvist september 2020 i England. Den blev den dominerende variant i England i december 20201. I Danmark har vi første gang påvist B.1.1.7 i prøver fra 14. november 2020. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.1.7. Virusvarianten kaldes også for VOC 202012/01 (Variant Of Concern, år 2020, måned 12, variant 01). Den er også blevet kaldt 501Y.V1 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage B.1.1.7 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Varianten har ni genetiske ændringer i spikeproteinet, som er en af virussets overfladeproteiner. Det drejer sig om to deletioner (69-70 og 144) og syv mutationer (N501Y, A570D, D614G, P681H, T7161, S982AA, D1118H)2.

Der er bred enighed om, at denne variant er mere smitsom end øvrige typer af SARS-CoV-2. Den øgede smitsomhed er fundet til at være mellem 35-75%1,3-5. I Danmark er det relative kontakttal for B.1.1.7 fundet til at være 1,55 gange højere end for andre varianter den 31. januar 2021. Det betyder, at B.1.1.7 er 55% mere smitsom end de andre varianter. B.1.1.7 blev i februar 2021 den dominerende variant i Danmark. Mutationen N501Y har vist at øge bindingen til angiotensin-converting enzym-2 (ACE2) receptor, som medierer virus transport ind i de humane celler. Nogle forskere mener, at N501Y-mutationen enten alene eller sammen med 69-70 deletionen er med til at gøre denne variant mere smitsom6. Læs mere om N501Y i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Ifølge de engelske myndigheder er der tegn til, at personer smittet med B.1.1.7 har et højere virusniveau (lavere CT-værdier ved PCR-test), end personer smittet med andre varianter, og dermed udskiller flere smitsomme viruspartikler7, andre studier har ikke kunnet bekræfte denne teori8.

Flere studier undersøger, om B.1.1.7 medfører alvorligere sygdom. Der er fundet blandede resultater3,9,10. Et studie viser, at den relative hazard ratio for død indenfor 28 dage efter positiv test er på 1,35 (95% CI 1,08-1,68) sammenlignet med individer syge af non-B.1.1.7-variant. Dette svarer til en øget dødelighed på 35%. Imperial College, London og Public Health England finder også øget dødelighed blandt individer syge med B.1.1.7 frem for en anden SARS-CoV-2-variant9. Foreløbige resultater fra et andet studie baseret på indrapportering af symptomer via en app fandt derimod ikke nogen forskelle i indrapporterede symptomer, alvorligheden af sygdom eller varighed af sygdom hos individer syge med B.1.1.7 i forhold til non-B.1.1.7-variant10, ligesom Davies et al. heller ikke fandt øget alvorlighed ved smitte med B.1.1.73. En undersøgelse fra SSI viser, at der er ca. 60% øget risiko for indlæggelse ved smitte med B.1.1.7 sammenlignet med smitte med andre varianter. På baggrund af de nu kendte undersøgelser konkluderer vi, at det er sandsynligt, at B.1.1.7 kan give et alvorligere sygdomsforløb.

Foreløbige resultater indikerer kun let nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer11,12. Foreløbige undersøgelser om Pfizer-BioNTech- og Modernavaccinernes effekt over for B.1.1.7-varianten tyder kun på marginalt nedsat effekt12-16. Foreløbige resultater tyder på, at AstraZeneca-vaccinen virker ligeså godt på B.1.1.7-varianten som non-B.1.1.7-varianter17.

I England har man dog fundet B.1.1.7 med en yderligere mutation i det receptor-bindende domæne på spikeproteinet - nemlig E484K6. Dette er bekymrende, da studier har vist, at denne mutation giver nedsat følsomhed for neutraliserende antistoffer18,19. E484K-mutationen er ikke blevet fundet hos B.1.1.7-varianten i Danmark endnu. 

Referencer

  1. Leung K at al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  2. ECDC, 21. januar 2021: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf (pdf)
  3. Davies NG et al. Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248822v1
  4. Vöhringer H et al. Lineage-specific growth of SARS-CoV-2 B.1.1.7 during the English national lockdown. Preliminary report:
    https://virological.org/t/lineage-specific-growth-of-sars-cov-2-b-1-1-7-during-the-english-national-lockdown/575
  5. Washington NL et al. Genomic epidemiology identifies emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.06.21251159v1
  6. Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant - Variant of Concern 202012 / 01. Technical briefing 5. 2021.: https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201
  7. Kidd M et al. S-variant SARS-CoV-2 is associated with significantly higher viral loads in samples tested by ThermoFisher TaqPath RT-QPCR. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248834v1
  8. Walker SA et al. Increased infectiones, but not viral burden, with a new SARS-CoV-2 variant. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.13.21249721v1
  9. NERVTAG paper on COVID-19 variant of concern B.1.1.7: https://www.gov.uk/government/publications/nervtag-paper-on-covid-19-variant-of-concern-b117
  10. Graham MS et al. The effect of SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 on symptomatology, re-infection and transmissibility. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.28.21250680v1
  11. Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant - Variant of Concern 202012 / 01. Technical briefing 4. 2021: https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201
  12. Muik A et al. Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine – elicited human sera. Science 29, January 2021: https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/28/science.abg6105
  13. Collier D et al. SARS-CoV-2 B.1.1.7 escape from mRNA vaccine-elicited neutralizing antibodies. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.19.21249840v4
  14. Xie X et al. Neutralization of SARS-CoV-2 spike 69/70 deletion, E484K, and N501Y variants by BNT162b2 vaccine-elicited sera. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/27/2021.01.27.427998.abstract
  15. Wang Z et al. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants. [Preprint]:
    http://biorxiv.org/content/early/2021/01/30/2021.01.15.426911.abstract
  16. Wu K et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. [Preprint]: http://biorxiv.org/content/early/2021/01/25/2021.01.25.427948.abstract
  17. Emary KRW et al. Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) Vaccine Against SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (B.1.1.7). [Preprint]:
    https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3779160
  18. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  19. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1

Virusvariant B.1.351

Kort fortalt om B.1.351

B.1.351 blev påvist første gang i Sydafrika i oktober 2020 og i Danmark i januar 2021.

Smitsomhed
Det er ikke bekræftet, at denne variant er mere smitsom, men varianten har mutationen N501Y, som er kædet sammen med øget smitsomhed.

Alvorlig sygdom og død
Det vides ikke, om denne variant kan give alvorligere sygdomsforløb. 

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Denne variant har mutation E484K, og foreløbige resultater antyder, at denne variant har en nedsat følsomhed for antistoffer, hvilket giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant og risikoen for at blive smittet igen.


Udvidet beskrivelse af B.1.351

B.1.351 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der første gang blev påvist i oktober 2020 i Sydafrika, og derefter hurtigt blev den dominerende variant i flere provinser i landet. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.351. Virusvarianten kaldes også for VOC 202012/02 (Variant Of Concern, år 2020, måned 12, variant 02). Den er også blevet kaldt 501Y.V2 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20C i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage B.1.351 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Den er karakteriseret ved at have flere mutationer i spikeproteinet; D80A, D215G, K417N, A701V, N501Y og E484K. Tre af disse mutationer er i det receptor-bindende domæne (K417N, E484K og N501Y)1.

Særligt mutationerne i det receptor-bindende domæne gør forskere bekymrede. Det er muligt, at nogle af disse, hver for sig eller i kombination, har betydning for variantens smitsomhed eller nedsatte følsomhed for antistoffer2. Undersøgelser tyder på, at mutationen N501Y øger virussets smitsomhed, muligvis på grund af stærkere binding til ACE2-receptoren3,4. Foreløbige resultater ud fra en matematisk modellering viser, at B.1.351 er 50% (95% CrI: 20-113%) mere smitsom end andre cirkulerende varianter i Sydafrika, såfremt den ikke undviger erhvervet immunitet. Hvis denne variant derimod er lige så smitsom som andre cirkulerende varianter, så undviger den erhvervet immunitet med 21% (95% CrI: 11-36%). Da B.1.351 formentlig har både øget smitsomhed og nedsat følsomhed for antistoffer, ligger sandheden nok derimellem5.

Studier har vist, at mutationen E484K giver nedsat følsomhed for antistoffer6,7. Læs mere om E484K i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Foreløbige resultater fra et andet studie antyder, at mutationerne E484K og K417N gør, at denne variant har nedsat følsomhed for SARS-CoV-2-antistoffer4. Nedsat følsomhed for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant, og om risikoen for reinfektion. En række nye studier har vist, at sera fra individer vaccineret med Pfizer-BioNTech- og Modernavacciner har nedsat neutraliserende effektivitet over for variant B.1.351. Det forventes dog ikke at nedsætte vaccineeffektiviteten i væsentlig grad8,9. Senest er der rapporteret om en vaccineeffektivitet med vaccinen fra AstraZeneca på 10,4% (95%CI:-76.8;54.8) overfor mild og moderat covid-19-infektion blandt unge mennesker over for B.1.35110. Det påpeges, at denne information er baseret på et mindre klinisk forsøg, samt at fund for mild og moderat sygdom ikke kan ekstrapoleres til alvorlig sygdom, og derfor skal man passe på med at drage konklusioner ud fra dette.

Hvorvidt denne variant giver alvorligere sygdomsforløb vides endnu ikke.

Der er den 15. januar 2021 påvist det første tilfælde med B.1.351 i Danmark. Der er indtil videre registreret få tilfælde i Danmark, de fleste med tilknytning til rejse. Der er fundet flere tilfælde af B.1.351 i mange europæiske lande også uden tilknytning til rejse, bl.a. er der set udbrud i Tyrol i Østrig og i Norge med denne variant.

Referencer

  1. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.351.html
  2. Tegally H et al. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.21.20248640v1
  3. Leung K at al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106:
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  4. Wibmer CK et al. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.18.427166v1
  5. Pearson C et al. Estimates of severity and transmissibility of novel SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 in South Africa. [Preprint]:
    https://cmmid.github.io/topics/covid19/sa-novel-variant.html
  6. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  7. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  8. Jangra S et al. The E484K muntaiton in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  9. Pressemeddelelse fra Moderna, 25. januar 2021, Moderna COVID-19 Vaccine Retains Neutralizing Activity Against Emerging Variants First Identified in the U.K. and the Republic of South Africa
    https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-covid-19-vaccine-retains-neutralizing-activity-against/
  10. Mahdi SA et al. Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 (AZDI222) Covid-19 vaccine against the B.1.351 variant in South Africa. [Preprint]: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.10.21251247v1

Andre links

ECDC, 21. januar 2021
https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf (pdf)

NOTAT. Sundhedsfaglig vurdering af den sydafrikanske variant af SARS-CoV-2, 15. januar 2021 (pdf)

Virusvariant P.1

Kort fortalt om P.1

P.1 blev påvist første gang i Brasilien og Japan i januar 2021. Første tilfælde af P.1 i Danmark blev fundet i slutningen af februar 2021 (prøven blev taget i slutningen af februar, og testresultatet blev kendt i starten af marts).

Smitsomhed
Denne variant har mutation N501Y, som findes i B.1.1.7 og B.1.351, og som er kædet sammen med øget smitsomhed. Der er derfor stærk mistanke om, at P.1 har øget smitsomhed, men dette er ikke endeligt bevist.

Alvorlig sygdom og død
Det vides ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Denne variant har mutation E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for antistoffer, men dette er ikke endeligt bevist.


Udvidet beskrivelse af P.1

I januar 2021 rapporterede Brasilien og Japan om en ny SARS-CoV-2-variant, P.1, der første gang blev fundet i Manaus, Brasilien og hos rejsende fra Japan, der havde været i Brasilien. Virusvarianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet P.11. Virusvarianten kaldes også for VOC 202101/02 (Variant Of Concern, år 2021, måned 01, variant 02). Den er også blevet kaldt 501Y.V3 efter en af nøglemutationerne.

Varianten tilhører clade 20B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage P.1 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Varianten har ti mutationer i spikeproteinet; L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, H655Y og T1027I2.

Det er særligt mutationerne N501Y, K417T og E484K, som er biologisk vigtige3. Da denne variant har mutationen N501Y, som varianterne B.1.1.7 og B.1.351 også har, er der stor mistanke om, at denne variant har øget smitsomhed, men dette er ikke endeligt bevist. Læs mere om N501Y i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Denne variant har også mutationen E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for neutraliserende antistoffer4,5. Læs mere om E484K i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Nedsat følsomhed for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant og om risikoen for reinfektion. Hvor vidt varianten P.1 nedsætter effekten af vaccinerne, vides endnu ikke. Der er særligt i Manaus i Brasilien set en ny stor bølge med denne variant, selvom en stor del af befolkningen var immune efter en tidligere bølge, og der er set eksempler på reinfektioner6. Det vides ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom.

Referencer

  1. ECDC, 21. Januar 2021
    https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf (pdf)
  2. https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html
  3. Faria NR et al. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
    https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586/2
  4. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  5. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  6. Sabino EC et al. Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence. Lancet. 2021;397(10273):452–5, doi:10.1016/ S0140-6736(21)00183-5

Virusvariant P.2

Kort fortalt om P.2

P.2 blev påvist første gang i Brasilien i december 2020. Første tilfælde i Danmark blev fundet i slutningen af december 2020.

Smitsomhed
Det vides endnu ikke, om denne variant er mere smitsom.

Alvorlig sygdom og død
Det vides endnu ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Denne variant har mutation E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for antistoffer, men det er ikke endeligt bevist.


Udvidet beskrivelse af P.2

I slutningen af december 2020 fandt man en ny variant i Rio de Janeiro i Brasilien, denne variant bliver kaldt P.2, da den tilhører lineage (viruslinje P.2). Første tilfælde med denne variant i Danmark var ultimo december 2020.

Varianten tilhører clade 20B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org/) og lineage P.2 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html).

Denne variant har også mutationen E484K1, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for neutraliserende antistoffer2,3. Læs mere om NE484K i beskrivelsen af mutationen længere nede på siden. Nedsat følsomhed for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant, og om risikoen for reinfektion. Hvorvidt varianten P.2 nedsætter effekten af vaccinerne, vides endnu ikke. Det vides ikke, om denne variant medfører alvorligere sygdom, eller om den er mere smitsom.

Referencer

  1. COG-UK report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK 15th January 2021 (pdf)
  2. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020): 
    https://elifesciences.org/articles/61312
  3. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]: 
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1

Virusvariant N439K

Kort fortalt om N439K

N439K blev påvist første gang i Skotland i marts 2020. Første tilfælde i Danmark blev fundet i august 2020.

Smitsomhed
På nuværende tidspunkt er der intet, der tyder på en øget smitsomhed.

Alvorlig sygdom og død
På nuværende tidspunkt er der intet, der tyder på et alvorligere sygdomsforløb.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Flere studier antyder, at denne variant har en nedsat følsomhed for antistoffer. Det vides ikke, om mutationen mindsker effekten af covid-19-vaccinerne.


Udvidet beskrivelse af N439K

N439K er en virusvariant af SARS-CoV-2. Denne variant blev første gang påvist i Skotland i marts 20201, men er siden set i både Australien og New Zealand samt i en række andre europæiske lande bl.a. hyppigt i Danmark, Slovenien, Tjekkiet og Rumænien, ligesom den sporadisk er opstået i flere uafhængige viruslinjer.

N439K-varianten er baseret på en enkelt mutation, nemlig mutationen N439K i det receptorbindende domæne på spikeproteinet, som binder sig til ACE2-receptoren på humane celler for at muliggøre, at virusset kommer ind i cellen. Der er øget fokus på N439K-varianten, da nogle studier indikerer, at N439K blandt har nedsat følsomhed overfor neutraliserende antistoffer2-4. Der er ingen evidens for, at denne variant påvirker effekten af vacciner1. Der er for nuværende intet, der tyder på et alvorligere sygdomsforløb ved smitte med N439K-varianten eller øget smitsomhed.

Der er ikke noget i denne variant, der tyder på, at det har ramt en bestemt befolkningsgruppe, eller at den er mere alvorlig end det generelle billede, vi ser for covid-19 i Danmark5. Forekomsten af denne variant har været nedadgående, efter B.1.1.7 har spredt sig.

Referencer

  1. https://www.cogconsortium.uk/news_item/report-12-15th-october-2020/
  2. Li Q et al. The Impact of Mutations in SARS-CoV-2 Spike on Viral Infectivity and Antigenicity. Cell. 2020;182(5):1284-1294.29. doi:10.1016/j.cell.2020.07.012
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420308771
  3. Thomsen EC et al. Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity. Cell. Published on January 2021. doi:10.1016/j.cell.2021.01.037
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421000805
  4. Zhou W et al. N439K variant in spike protein may alter the infection efficiency and antigenicity of SARS-CoV-2 based on molecular dynamics simulation. doi:10.1101/2020.11.21.392407. [Preprint]: 
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.21.392407v1
  5. Statens Serum Institut. SARS-CoV-2, Spike Protein Variant N439K. Accessed February 3, 2021 (pdf)

Virusvariant B.1.525

Kort fortalt om B.1.525

B 1.525 blev påvist første gang i Storbritannien og Nigeria i december 2020 og i Danmark i januar 2021.

Smitsomhed
Indtil videre er der intet, der tyder på, at B.1.525 er mere smitsom end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter.

Alvorlig sygdom og død
Indtil videre er der intet, der tyder på, at B.1.525 giver et alvorligere sygdomsforløb end de øvrige SARS-CoV-2-virusvarianter.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
B.1.525 har mutation E484K, som studier har forbundet med nedsat følsomhed for antistoffer, men det er ikke endeligt bevist. Nedsat følsomhed over for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant og risikoen for at blive smittet igen.


Udvidet beskrivelse af B.1.525

B.1.525 er en virusvariant af SARS-CoV-2, der første gang blev påvist i december 2020 i Storbritannien og Nigeria og er efterhånden fundet over hele verden inklusiv Danmark. Varianten tilhører en lineage (viruslinje) kaldet B.1.525.

Varianten tilhører clade 19B i Nextclade typningssystemet (https://clades.nextstrain.org) og lineage B.1.525 i Pangolin typningssystemet (https://cov-lineages.org/lineages.html). Den er karakteriseret ved at have flere mutationer i spikeproteinet; L4175F, Q52R, E484K, Q677H, F888L, L21F, I82T1.

Det er særligt mutationen E484K, som også findes hos varianterne B.1.351 og P.1., der er bekymrende, da den vurderes at medføre nedsat følsomhed over for antistoffer2,3. Nedsat følsomhed for antistoffer giver en bekymring om vacciners effekt på denne variant, og om risikoen for reinfektion. Det er på baggrund af overvågning af denne mutation, at man så tidligt er blevet opmærksomme på denne variant.

Der er indtil videre intet, der tyder på, at denne variant giver et alvorligere sygdomsforløb eller har øget smitsomhed.

Referencer

  1. https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html#table2link
  2. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  3. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1

Mutation E484K

Kort fortalt om E484K

Mutationen E484K har vist sig at findes i flere varianter af SARS-CoV-2. I England og Holland har man fundet mutationen i B.1.1.7. Den findes også i B.1.351, P.1, P.2 og B.1.525.

Smitsomhed
Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv giver øget smitsomhed.

Alvorlig sygdom og død
Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv giver alvorligere sygdom.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Studier har vist, at mutationen E484K giver nedsat følsomhed over for antistoffer.


Udvidet beskrivelse af E484K

E484K-mutationen er en substitution af Glutamat (E) på position 484 i det receptorbindende domæne på spikeproteinet. Denne mutation findes i flere af de nye varianter af interesse som B.1.351 og P.11, som er betegnet som Variants of Concern (VOC). Studier har vist, at mutationen E484K giver nedsat følsomhed for antistoffer, hvorfor mutationen kaldes for en escapemutation1-3. Der er ikke tegn på, at mutationen i sig selv medfører en øget smitsomhed. E484K ser ud til at være opstået uafhængigt og har vist sig at findes hos flere forskellige varianter af SARS-CoV-2., herunder B.1.351 og P.1, der alle har mutationen i kombination med mutationen N501Y, der øger smitsomheden. I England og i Holland har man også fundet nogle eksempler på mutationen E484K blandt B.1.1.7-varianten4. Der er ikke aktuelt påvist E484K-mutationen blandt prøver med B.1.1.7-varianten i Danmark. Der er fundet en ny variant af interesse blandt andet i Danmark, hvor E484K-mutationen optræder sammen med F888L-mutationen, denne variant hedder B.1.525. En anden ny variant, som undersøges, er A.23, den har også mutationen E484K. Den blev først opdaget i England den 10. januar 20215.

Det er et generelt fund, at jo højere antistofniveauer, der induceres af vacciner (jo bedre immunogenicitet de har), des bedre er krydsbeskyttelsen mod varianter, inkl. varianter med E484K-mutationen. En række nye studier har vist, at sera fra individer vaccineret med Pfizer-BioNTech- og Modernavacciner har nedsat neutraliserende effektivitet over for især variant B.1.351, der netop indeholder mutationen E484K. Det forventes dog ikke at nedsætte vaccineeffektiviteten i væsentlig grad1,6. Senest er der rapporteret om en vaccineeffektivitet med vaccinen fra Oxford og AstraZeneca på 10,4% (95%CI:-76.8;54.8) overfor mild covid-19-infektion blandt unge mennesker over for B.1.3517. Det påpeges, at denne information er baseret på et mindre klinisk forsøg, samt at fund for mild sygdom ikke kan ekstrapoleres til alvorlig sygdom, og derfor skal man passe på med at drage konklusioner ud fra dette.

Referencer

  1. Jangra S et al. The E484K mutation in the SARS_CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post vaccination sera. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.26.21250543v1
  2. Weisblum Y et al. Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants. Elife 9, doi:10.7554/eLife.61312 (2020):
    https://elifesciences.org/articles/61312
  3. Greaney AJ et al. Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies. [Preprint]:
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1
  4. Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant - Variant of Concern 202012 / 01. Technical briefing 5. 2021:
    https://www.gov.uk/government/publications/investigation-of-novel-sars-cov-2-variant-variant-of-concern-20201201
  5. https://www.gov.uk/government/news/phe-statement-on-variant-of-concern-and-new-variant-under-investigation
  6. Pressemeddelelse fra Moderna, 25. januar 2021, Moderna COVID-19 Vaccine Retains Neutralizing Activity Against Emerging Variants First Identified in the U.K. and the Republic of South Africa
    https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-covid-19-vaccine-retains-neutralizing-activity-against/
  7. Mahdi SA et al. Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 (AZDI222) Covid-19 vaccine against the B.1.351 variant in South Africa. [Preprint]:
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.10.21251247v1

Mutation N501Y

Kort fortalt om N501Y

Mutationen N501Y har vist sig i flere varianter af SARS-CoV-2 bl.a. B.1.1.7 og B.1.351. Mutationen blev set første gang i Wales i september 2020.

Smitsomhed
Man formoder, at N501Y spiller en rolle i den øgede smitsomhed i B.1.1.7 og B.1.351.

Alvorlig sygdom og død
Det er sandsynligt, at B.1.1.7 giver et alvorligere sygdomsforløb. Hvorvidt N501Y mutationen er medvirkende til det, det vides endnu ikke.

Følsomhed over for antistoffer (vacciner)
Foreløbige data fra et modelleringsstudie antyder, at mutationen N501Y kan medføre nedsat følsomhed over for antistoffer.


Udvidet beskrivelse af N501Y

N501Y-mutationen er en substitution af Asparagine (N) med Tyrosine (Y) i det receptorbindende domæne på spikeproteinet. Denne mutation findes i flere af de nye varianter af interesse som B.1.1.7, B.1.351 og P.1.

B.1.1.7 har en øget smitsomhed på 35%-75%1-3, B.1.351 er fundet til at have en øget smitsomhed på op til 50% i forhold til andre SARS-CoV-2 varianter4. Man formoder, at N501Y-mutationen spiller en rolle for disse varianters øgede smitsomhed.

N501Y-mutationen blev set i en variant (Variant 1, tilhørende clade 20B) første gang tidligt i september i Wales 2020. Mutationen blev også set senere i september i en anden variant B.1.1.7, tilhørende clade 20B, der spredte sig og blev udbredt over hele landet og til andre lande. Begge varianter indeholdt en række mutationer og genetiske ændringer i virus-genomet, men fælles for dem var mutationen N501Y. De to varianter estimeres i studiet til at have en forøget evne til at spredes i forhold til en normal SARS-CoV-2-variant (R0) på hhv. for 10% (95% CrI: 6–13%) for variant 1 og 75% (95% CrI: 70–80%) for B.1.1.7 (1).

Præliminære undersøgelser har indikereret, at mutationen N501Y muligvis øger virussets smitsomhed igennem en beregnet stærkere binding til ACE2-receptoren5,6. Præliminære data fra et modelleringsstudie viser, at N501Y muligvis også har effekt på bindingen mellem neutraliserende antistoffer og det receptorbindende domæne på spikeproteinet, der dermed kan medføre nedsat følsomhed for antistoffer6.

Referencer

  1. Leung K at al. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Eurosurveillance. 2021;26(1). doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106: 
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106
  2. Davies NG et al. Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England. [Preprint]: 
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248822v1
  3. Washington NL et al. Genomic epidemiology identifies emergence and rapid transmission of SARS-CoV-2 B.1.1.7 in the United States. [Preprint]: 
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.06.21251159v1
  4. Pearson C et al. Estimates of severity and transmissibility of novel SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 in South Africa. [Preprint]: 
    https://cmmid.github.io/topics/covid19/sa-novel-variant.html
  5. Villoutreix BO et al. In silico investigation of the new UK (B.1.1.7) and South African (501Y.V2) SARS-CoV-2 variants with a focus at the ACE2-spike RBD interface. [Preprint]: 
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.24.427939v1
  6. Luan B et al. Molecular Mechanism of the N501Y Mutation for Enhanced Binding between SARS-CoV-2’s Spike Protein and Human ACE2 Receptor. [Preprint]: 
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.04.425316v1.full